1951年建校到1960年，工作中形成的文件材料分散保存。1961年学校建立档案室，由校长办公室负责。1980年确定专职档案管理人员1名。1997年6月成立综合档案室，正科级建制。2007年成立党政办综合科档案室。2016年更名为党政办公室档案室，正科级建制。2026年，成立档案馆。

档案馆总面积712m²，其中，库房646m²，办公、阅览各33m²，档案柜110组，实现了档案库房、办公、阅览三分开。

2006年起改卷为件，采取卷件结合的保管方式，设有西安医学院各历史时期及陕西省卫生厅职工卫生学校、陕西省经贸学校3个全宗。

保存了自1951年建校以来，学校党群、行政、教学、科研、基建、仪器设备、出版、外事、财会9大门类，声像、实物2个辅类及校庆、评估、审核等5个专题的档案资料。

截至2025年12月，馆藏纸质档案1.2万余卷，25万余件，照片2500余张，实物524余件。

随着我校档案数字化建设的全面推进，要求不断创新档案工作理念、方法、模式，使信息化与档案各项工作深度融合，提升档案管理数字化、智能化水平，逐步实现档案工作数字转型。