1951年建校到1960年，工作中形成的文件材料分散保存。1961年学校建立档案室，由校长办公室负责。1980年确定专职档案管理人员1名。1997年6月成立综合档案室，正科级建制。2007年成立党政办综合科档案室。2016年更名为党政办公室档案室，正科级建制。2026年，成立档案馆。

档案馆总面积712m²，其中，库房646m²，办公、阅览各33m²，档案柜110组，实现了档案库房、办公、阅览三分开。

2006年起改卷为件，采取卷件结合的保管方式，设有西安医学院各历史时期...